经过脱苦脱腥工艺后的鱼蛋白胨可作为营养添加剂，广泛应用于食品、保健品、化妆品等行业的生产。作为微生物培养基原料，同样可用于抗生素工业、医药工业、发酵工业（包括基因工程菌的发酵、酶制剂、有机酸、透明质酸等的发酵）、生物制品行业（各种疫苗、细胞因子及重组DNA产品）及微生物学科研等领域。